DNA Barcode                package:unknown                R Documentation


Description:

     Essa funo tem como objetivo alinhar uma dada sequncia de COI do mtDNA de uma espcie desconhecida com um banco de dados de sequncias de espcies conhecidas      obtidas no projeto DNA BArcode e construir uma matriz de distncia gentica para a identificao da espcie a partir do modelo de substituio de nucleotdeos      K2P (ou K80). Em insetos, espcies diferentes possuem em mdia uma divergncia gentica nessa regio de 2%. Portanto, essa espcie desconhecida ser           identificada de acordo com a similaridade gentica com sequncias do banco de dados. 

Usage:

     Barcode(align,seq.test=1,threshold=0.02,output="plot")

Arguments:

     align: DNAbin. Alinhamento
     seq.test: character ou numeric. Nome da sequncia a ser testada ou a posio da sequncia no alinhamento
     threshold: numeric. Linha de corte
     output: character. Define se a funo retorna um grfico (plot) ou um vetor (table)



Details:

     As sequncias devem estar alinhadas ou podem ser alinhadas usando a funo auxiliar "align.muscle", descrita na funo "Barcode". A distncia  calculada de      acordo com o modelo de substituio de bases K2P (ou K81).  

Value:

     retorna um grfico (plot) ou um vetor (table) com as 10 espcies mais prximas geneticamente.

Warning:

    "No h sequencia com o nome apresentado": se o nome da sequncia no constar no alinhamento.

Note:

     
Author(s):

     Elaine Franoso
     francoso@usp.br

References:

     
     Paradis E., Claude J. & Strimmer K. 2004. APE: analyses of phylogenetics and evolution in R language. Bioinformatics 20: 289-290.
     http://www.barcodeoflife.org/
     http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

See Also:

    align.muscle, dist.dna

Examples:

test.seq<-read.dna("spX.fasta",format="fasta") 
ref.seq<-read.dna("BD.fasta",format="fasta")

align<-align.muscle(test.seq,ref.seq)

     Barcode(align,"spX",0.02,"plot")
     Barcode(align,"spX",0.02,"table")


